扩增子分析QIIME2. 6数据导出Exporting data
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注:最好按本教程顺序学习,想直接学习本章,至少完成本系列第一篇QIIME2安装。
为什么要导出文件?
QIIME2采用统一qza文件格式,是为了保证文件格式统一和分析流程可追溯。但不可能要求每个人都用此需系统,需要导出其它软件兼容的格式,方便交流和其它用户更个性化的分析。
# 安装QIIME2 2017.7,最少的安装代码,详见QIIME2安装;己安装请跳过
conda update conda
conda create -n qiime2-2017.7 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2017.7-conda-linux-64.txt
# 激活工作环境
source activate qiime2-2017.7
# 建立工作目录
mkdir -p qiime2-exporting-tutorial
cd qiime2-exporting-tutorial
导出Feature/OTU表
wget -O "feature-table.qza" "https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/feature-table.qza"
qiime tools export \
feature-table.qza \
--output-dir exported-feature-table
ls -l exported-feature-table/feature-table.biom # 查看结果文件信息
导出的biom文件位于exported-feature-table文件夹中,名为feature-table.biom,可用biom程序对文件进行格式转换和分析
导出进化树
wget -O "unrooted-tree.qza" "https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/unrooted-tree.qza"
qiime tools export \
unrooted-tree.qza \
--output-dir exported-tree
less exported-tree/tree.nwk
导文件为exported-tree/tree.nwk,是标准树nwk文件
导出与提取
提取包括所有的信息文件,如下例中的feature表文件,结果即包括feature表,又包括生成此文件的相关软件版本信息,还有生成此文件所有步骤的文件说明。
mkdir extracted-feature-table
qiime tools extract \
feature-table.qza \
--output-dir extracted-feature-table
Reference
1. https://docs.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/
科研经验
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宏基因组公众号14天受邀原创-诚邀同行共享研究经验
扩增子图表解读第一季
1箱线图:Alpha多样性,老板再也不操心的我文献阅读了
2散点图:组间整体差异分析(Beta多样性)
3热图:差异菌、OTU及功能
4曼哈顿图:差异OTU或Taxonomy
5火山图:差异OTU数量及变化规律
6韦恩图:比较组间共有和特有OTU或分类单元
7三元图:美的不要不要的,再多用也不过分
8网络图:节点OTU或类Venn比较
扩增子分析
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